Au Cactus Francophone

Bonjour.

Je viens de découvrir ce site : une nouvelle base taxonomique de la famille des cactacées.
https://caryophyllales.org/cactaceae/

Elle est gérée par les spécialistes du genre, qui ont réalisé les dernières analyses génétiques..

l'article qui décrit la démarche
"Cactaceae at Caryophyllales.org – a dynamic online species-level taxonomic backbone for the family
Nadja Korotkova, David Aquino, Salvador Arias, Urs Eggli, Alan Franck, Carlos Gómez-Hinostrosa, Pablo C. Guerrero, Héctor M. Hernández, Andreas Kohlbecker, Matias Köhler, Katja Luther, Lucas C. Majure, Andreas Müller, Detlev Metzing, Reto Nyffeler, Daniel Sánchez, Boris Schlumpberger, Walter G. Berendsohn
"

C'est une une véritable mine, qui a l'avantage d'être à jour des dernières avancées de la recherche.
On a les noms de genre et d'espèces reconnues, avec leurs synonymes, et aussi les références bibliographiques et les liens qui vont avec.


Sur le site https://caryophyllales.org/, on peut aussi trouver une BD de genres des autres familles de caryophyllales, dont les aizoacéées et les didieracées.

(tu)
Merci de nous faire découvrir ce site récent, riche et gratuit. Les travaux de phylogénétique sont cités et commentés rapidement, cela aide bien pour retrouver les articles pertinents.

Cela va être très intéressant de comparer avec la classification de Joël Lodé. L'avantage ici est la possibilité de mise-à-jour en fonction des avancées de la recherche.

Tout à fait, en fait, ce site c'est une synthèse comme celle de Joel Lodé, mais en version web, mise à jour directement par les chercheurs que Joel citait dans son Grand Bouquin.
Quand on voit les noms de ceux qui le maintiennent, on peut avoir confiance dans le sérieux du boulot.

Je vais signaler le lien à Yann pour qu'il soit répertorié dans la rubrique e-cactus.
_{(Mais personnellement, avec une liste de noms sans photos, moi je ne sais pas toujours de quoi on parle )}

C'est surtout intéressant pour les liens inter synonymes, ainsi que les refs des articles en cas de changements.
Car ils ont fait des changements, comme par exemple la nième refonte du groupe echinopsis sl.

"qui a l'avantage d'être à jour"
Euh ,pas vraiment .
Si je prend uniquement la liste des Echinocereus et que je la compare avec le travail(en cour,aux dernières nouvelles ,il avait fini les Mammillaria) de Joël.
Son travail de récolte de toutes les informations en coopération avec nombre de spécialistes , lui à permis d'arriver à une liste totale de 94 espèce et de 54 sous espèces.
Bien évidement sous réserve de toutes nouvelles informations, qui pourraient lui parvenir d'ici la mise sous presse de ses bouquins.
Ce qui devrait avoir lieu d'après Joël vers 2026-2027(estimation).

Bonjour,

La liste avait été publiée en pdf en 2021. Elle se trouve ici:
https://www.researchgate.net/publication/354288876_Cactaceae_at_Caryophyllales_-_species_level_checklist_Supplement
Ce lien ne semble pas apparaitre sur le site.

Les modification faites depuis semblent apparaitre ici:
https://caryophyllales.org/cactaceae/updates

A mon avis, cette liste ne reflète que l'avis des auteurs. Mais parfois, les références peuvent être utiles.

"A mon avis, cette liste ne reflète que l'avis des auteurs" N'est-ce pas toujours le cas Martine ?

Oui pincettes.... c'est toujours le cas.
Je voulais surtout relativiser.

fifi49, je ne pense pas que l'on puisse dire que ce n'est pas à jour car le travail de Joël Lodé sur Echinocereus n'est pas intégralement repris. D'ailleurs, je ne suis pas certain qu'il soit publié.

Les études moléculaires sont pertinentes pour délimiter et établir les filiations entre les genres, mais beaucoup moins pour séparer les espèces car on atteint les limites des techniques actuelles. D'ailleurs, pour le genre Echinocereus, on lit:

'Les analyses phylogénétiques utilisant l'ADNcp (Sánchez & al. 2014) ont montré la monophylie d' Echinocereus mais excluant E. pensilis. Echinocereus pensilis a été séparé en tant que genre monotypique Morangaya GD Rowley en tant que sœur de Stenocereus (A.Berger) Riccob., Myrtillocactus Console, Escontria Rose et Polaskia Backeb. La monophylie d' Echinocereus a été corroborée par l'analyse des caractères morphologiques (Sánchez & al. 2015, 2018). Echinocereus est l'une des lignées les plus diverses de la famille et la délimitation des espèces est souvent difficile en raison de l'extrême variation morphologique de certains complexes d'espèces.

La liste des espèces composant un genre va alors essentiellement dépendre de la perception de chaque auteur, qui prend en compte des critères morphologiques ou écologiques de manière personnelle. Ici, elle relève du consensus actuel des taxonomistes, ce n'est ni celle de Joël Lodé, ni celle de Hunt, ni celle de Britton et Rose, ni... A prendre comme provisoire !

On voit bien que de nombreux genres sont polyphylétiques, ce qui présage la création de nouveaux genres, ou le déplacement de certains taxons dans un autre genre, le but étant d'obtenir une classification phylogénétique...
Exemples: on retrouve Kroenleinia Lodé comme nouveau genre (il sera peut-être absorbé par ferocactus à l'avenir), l'éclatement d'Echinopsis version XXL (avec le retour d' Acanthocalycium, Chamaecereus, Leucostele, Lobivia, Reicheocactus, Setiechinopsis, Soehrensia et Trichocereus)... ce qui n'est pas pour déplaire.

"A mon avis, cette liste ne reflète que l'avis des auteurs".

En tant que scientifique ayant signé des publis, mon sang n'a fait qu'un tour en lisant ça.

La science ce n'est pas un gusse qui bosse dans son coin et donne juste son avis.
Une publication dans une revue à comité de lecture, c'est bien plus qu'un avis, c'est ce qu'on appelle une théorie.
C'est à dire des faits, des raisonnements, des modèles et des conclusions validées par des preuves expérimentales, confrontés à des travaux antérieurs, acceptés par des pairs, bref le résultat d'un consensus scientifique du moment, avec des limites et réserves, et invalidable ultérieurement par de nouveaux faits, bien sûr.
D'ailleurs dans le site dont on parle il y a une grande rubrique "unresolved", qui montre que sur certains points, les auteurs ne tranchent pas, faute de données.

Ca n'empêche pas de voir des théories concurrentes, mais j'insiste sur le vocabulaire : une théorie n'est pas un avis ou une opinion.

<point godwin>
Assimiler des théories scientifiques à des opinions, c'est le début de l'obscurantisme. C'est ce que font les créationnistes quand ils clament que "l'évolution n'est qu'une théorie", montrant par là qu'ils n'ont rien compris à la science.
</point godwin>

Où voulais-tu en venir Martine, en "voulant juste relativiser" ? Quels arguments, quelle légitimité as-tu pour contester les travaux d'une communauté de chercheurs reconnus et expérimentés qui sont cités et repris par à peu près tout le monde, à commencer par notre ami Joel Lodé dans son oeuvre de synthèse ?

Pourquoi une réaction aussi vive ? personnellement, je ne conteste pas le sérieux des travaux de ce groupe de chercheurs. Tout le processus a été sans aucun doute rigoureux et leurs conclusions valides. Mais s'ils ont choisi d'étudier les critères génétiques (plutôt qu'un autre), c'est bien parce-qu' à leur avis, ces critères sont déterminants pour établir une classification, non ?

Je ne conteste pas le sérieux de ce groupe de chercheurs. Cependant, il y a d'autres groupes de chercheurs tout aussi sérieux qui ont des déductions différentes sur certains points.
Les études scientifiques se basent majoritairement sur des critères génétiques, mais diffèrent souvent du fait des marqueurs génétique retenus, et souvent, le nombre de taxons étudiés étant trop faible, les conclusions sont des opinions personnelles (ne serait-ce que par le choix des taxons étudiés).

Certaines études se basent sur les critères génétiques et incluent les critères morphologiques. C’est aussi une opinion.

De plus, le choix de regrouper ou non, de retenir des variétés ou des sous-espèces, est un choix d’opinion, pas un choix scientifique. Idem pour le choix de retenir certaines études scientifiques plutôt que d’autres.

Il faut quand même avouer que le travail de ce site est intéressant.

Désolé pour ma réaction vive, je ne voulais pas vous blesser Martine et 'Pincette'. Mais je lutte sans arrêt contre les approximations sémantiques et le confusions de concepts. En particulier dans les médias et les réseaux sociaux, où on entend des âneries sur la science.


On parle ici de classification phylogénétique, qui est quand même reconnu comme le meilleur moyen de classer les être vivants. Donc, dans ce type de classification, la génétique est incontournable. Je pense donc que le fait de retenir en priorité des critères génétiques est plus d'orde du consensus que d'un avis.
Là il subsiste des controverses en genetique, et où le travail n'est pas terminé, efectivement, c'est le choix des gènes : le fait de ne prendre que les gènes chrloroplastiques, par exemple, n'est pas satisfaisant. Ca explique pourquoi des etudes, fondées sur d'autres gènes, les contredisent.

Ma parole ! le mot créationniste serait-il à la mode ? je le lis ici pour la troisième fois en un mois.
Et dire que, quelques années plus tôt, la génétique semblait être la panacée devant mettre tout le monde d'accord ! Attendons que d'autres études voient le jour dans les années à venir, et l'on ne saura plus à quelle école se vouer.

C'est ça qui est bien, dans la science; c'est que ce n'est jamais terminé, rien n'est définitif. les couches de savoir s'accumulent plus qu'elles ne se remplacent.
La génétique n'a pas remplacé les études morphologiques. Et depuis quelques années, le grand truc, c'est l'épigénétique (l'expression des gènes, qui varie selon le contexte), qui complète et précise la génétique.
à suivre...

Effectivement, la réalisation d'analyses combinées de données morphologiques et de données moléculaires permet parfois de résoudre les relations phylogénétiques de certains taxons non résolus par des analyses moléculaires isolées. L'étude des Echinocactus par Mario Daniel Vargas-Luna en 2018 repose sur les séquences ADN de quatre marqueurs chloroplastiques, de deux gènes nucléaires et de 42 marqueurs morphologiques...

Tout cela est très complexe, il y a certainement de multiples sources d'erreur, mais permet de se libérer en partie des phénomènes de convergence évolutive (présence chez des espèces différentes de caractères analogues, non hérités d’un ancêtre commun, mais liés à l'adaptation à un environnement identique) qui faussent les classifications traditionnelles.

Le but est d'établir des relations de parenté entre les taxons. Et avec les nouvelles méthodes de séquençage, la diminution de son coût et les progrès de la bio-informatique, nous n'avons pas fini d'entendre parler d'analyse moléculaire...

Yves,

Pourquoi un point Godwin ?
Je te laisse relire la définition

C'est une variante sans doute, peut-être un point Darwin ?

Oui, c'était une analogie.
De même que nazi est l'ultime insulte en politique, creationniste est pour moi l'équivalent en science, l'apanage des obscurantiste religieux.

Climatiosceptique conviendrait aussi.
C'était ça l'idée, d'où mon tag ou je reconnaissais que j'exagerais et sur jouais l'indignation.